Příběh se odehrává v roce 2008, kdy svět ohrožuje informační válka, a vy se opět v roli Sama Fishera, agenta organizace Third Echelon, vypravíte do Severní Koreje, odkud útoky pocházejí. Během tajné a riskantní operace musíte proniknout hluboko na nepřátelské území a získat tam důležité informace nebo neutralizovat protivníky představující riziko pro národní bezpečnost. K tomu vám pomohou experimentální prototypy nevšedních zbraňových systémů, bojový nůž či schopnost svou oběť potichu udusit, protože se s ní utkáte na větší blízkost než kdykoli předtím. Design misí nabídne různé cesty k dosažení cíle a nepovinné vedlejší úkoly, které zaručí znovuhratelnost. Přitom narazíte na úplně novou umělou inteligenci nepřátel, kteří se chovají přirozeně, zatímco NPC neboli nehratelné postavy se budou bát o svůj život a pamatovat si předcházející události.