Děj – jak už sám titul napovídá – se prolíná mezi dvěma časy. Budoucnost nerůžově vylepší vědec Walker Sloan, jehož podle oficiální úterní zprávy bude mluvit Val Kilmer. Ze ziskuchtivosti a touze po moci upraví svou přítomnost návratem do minulosti. Je rok 2099 a Sloan usedá do svého stroje času a vrací se o sto let zpátky. Vstupuje do naší přítomnosti, roku 2011, aby využil své znalosti technologie budoucnosti k pořádnému rozjetí a dominování AlcheMaxu. Jeho taktický manévr plodí ovoce: v budoucnosti roku 2099 Alchemax vládne světu svou tvrdou nekompromisní politikou a terorem. Získal víc než bohatství, získal vládu nad celou planetou.

Spider-Man budoucnosti zjistí vše o Sloanových plánech a vidí, jak jeho kruté činy v čase absolutně vše diametrálně změnily. A je to ještě horší, než by očekával – Peter Parker alias Spider-Man je zabit Anti-Venomem. Díky časostroji je však naděje zvrátit drsnou budoucnost. Spiderman z roku 2099 musí zachránit budoucnost a život Petera Parkera.

Hra je napínavá a nabitá akcemi. Hráči budou mít možnost „přepínat“ mezi časy budoucnosti a přítomnosti