Prototype 2 jde ve šlépějích svého předchůdce. Přináší nové prostředí, nové dovednosti, nové možnosti, ale hlavně zcela nový příběh. Ve hře se zhostíte Jamese Hellera, který díky Alexovi a viru přišel o rodinu a budoucnost. Hnán zlobou a pomstou se snaží pomstít a sám je nakažen virem. Virus přeměňuje jeho tělo a James získává dovednosti, které mu dopomohou ke spravedlnosti. Alex je ve hře vyobrazen jako zloduch toužící po zničení lidstva a tak právě VY a Vaše schopnosti mají učinit všemu přítrž. Chopte se role zachránce a utkejte se s Alexem, získejte zpět to co bylo ztraceno, získejte zpět svůj život.