Ovládněte všemocné písky času: vracejte se do minulosti, zmrazte současnost, spatřete budoucnost a zpomalte samotný čas - svých schopností však užívejte s rozmyslem.

V pokračování se náš hrdina bude muset postavit vlastnímu osudu (Dahaka), kterému v jedničce unikl, ale který se nyní nemilosrdně hlásí o své naplnění. Budete proto prchat po celé zemi, přemísťovat se z místa na místo a neustále zápasit o vlastní přežití v temných interiérech i venkovních lokacích. Ostatní si mohou myslet, že se prostě zbláznil, ale on dobře ví, jak velká smrtící síla je mu v patách.

Prince z Persie se vrací domů, do Babylonu. Doprovází ho záhadná císařovna času Kaileena, a nevyslovitelné jizvy z Ostrova času.
Ale namísto míru po kterém toužil, nachází své království zpustošené válkou a Kaileena se stáva terčem krutého spiknutí.