Pokémon Crystal Version, která původně vyšla v roce 2000 pro Game Boy Color, přidala do série her s Pokémony nové prvky. Poprvé sis mohl vybrat mezi mužskou a ženskou postavou. Bitvy konečně obsahovaly pořádné animace.

Teď se Pokémon Crystal vrací, aby tě vrátila do regionu Johto, nebo ti umožnila jej poprvé navštívit. Navštiv region Johto a prožij dobrodružství postavené na hrách Pokémon Silver a Pokémon Gold s přidanými prvky a vylepšeními - jedná se o jakousi definitivní verzi druhé generace Pokémonů.

Po dokončení příběhu se setkej s mýtickým Pokémonem Celebi. Setkej se s mysteriózní postavou Eusine a zjisti, jak je spojena s legendárním Pokémonem Suicune. Bojuj a vyměňuj Pokémony s přáteli pomocí lokálního bezdrátového multiplayeru.

S pomocí placené služby Pokémon Bank můžeš Pokémony chycené v této hře převést do Pokémon Sun, Moon, Ultra Sun a Ultra Moon. Obsahuje kód ke stažení hry.