Naruto: Ultimate Ninja 3 dělá monumentální skoky v licensovaném produktu díky spoustě novinek v této herní sérii. Hráči mohou nyní prožít a být součástí všech hlavních událostí, které definovaly Story Arc 1 v Heores módu. Také ninja v tréninku může přizpůsobit své postavy s Ultimate Jutsu, které jim dává kus zkušeností během bitvy a dovolí jim vydělávat body k upgradeování jejich síly, obrany, chakry, hbitosti a dalších speciálních schopností. Změňte hratelné postavy do silnějších nindžů nebývalých rozměrů nebo vyvolejte obrovské kreatury jako vaše spojence s novým Summoning módem.