Dva roky poté, co Naruto opustil vesnici Hidden Leaf, se oddal učení svého mistra Jiraiya. Poprvé tak dostanete možnost zažít tento kus z Narutova života, kdy se znovu setká se známými spřátelenými tvářemi, ale také klanem Akatsuki, který tentokrát představuje ještě větší hrozbu.
Příběh hry si v Ultimate Ninja 4 prožijete nejen prostřednictvím soubojů muže proti muži, ale také s RPG prvky v podobě cestování po okolí a akčním bojem s větším počtem protivníků během Vaší strastiplné cesty. Hrát při tom můžete až za 52 rozličných známých postav.