Dva roky poté, co Naruto opustil vesnici Hidden Leaf, se oddal učení svého mistra Jiraiya. Poprvé tak dostanete možnost zažít tento kus z Narutova života, kdy se znovu shledáte se známými spřátelenými tvářemi, ale také klanem Akatsuki, který tentokrát představuje ještě větší hrozbu.
Příběh hry si tentokrát prožijete nejen prostřednictvím soubojů muže proti muži, ale také s RPG prvky v podobě cestování po okolí a akční boje s více protivníky během vaší strastiplné cesty. Hrát při tom budete moci až za 52 rozličných známých postav.