Píše se rok 2047 a po pár letech relativního míru je Země rozdělena na tři teritoria. Červené zóny, zabírající zhruba 20% povrchu, jsou pro lidstvo neobyvatelné kvůli zamoření vysokou koncentrací krystalů Tiberia a jeho nebezpečnými výbuchy. Proto žije většina populace ve žlutých zónách, které jsou však postiženy chudobou a dřívější válkou trvající 49 let. Žluté zóny se rozprostírají na polovině planety a jsou domovem mocného spolku The Brotherhood of NOD, vyznávajícího taktiku teroristů. Zbývajících zhruba 30% zeměkoule aneb modré zóny, které má pod kontrolou aliance nejvyspělejších států (Global Defense Initiative), je na tom nejlépe. Tamní obyvatelé nemusí nosit oblek proti radiaci (narozdíl od ostatních oblastí s hojným výskytem Tibéria), s jehož bouřemi se zde setkávají pouze výjimečně. Cíl výzkumu, který provádí GDI coby vstřícné gesto pro uvolnění mezinárodního napětí, je tedy jasný: neutralizovat tento toxický mimozemský minerál a transformovat žluté zóny na modré, eventuálně Tibérium vymýtit úplně. Jenže to přímo odporuje zvrhlé vizi budoucnosti podle záporňáka jménem Kane, který nějakou záhadnou cestou vstal z mrtvých a má s touto surovinou úplně jiné plány. CaC3 nabídne tři kampaně složené z kapitol, tzv. Theatres of War, což je konkrétní zeměpisné místo (např. Skandinávie), na kterém se budou odehrávat příbuzné mise. Hraní se jinak bude do budoucna odvíjet podle vašich dřívějších skutků - před nebo v rámci mise vždy učiníte nějaké rozhodnutí, které zásadně pozmění povahu následujících vedlejších misí. Na výběr dostanete kupříkladu mezi bitvou o letiště nebo přístav. Sáhnete-li po té první a vyhrajete ji, v následujících misích nebudou mít nepřátelé k dispozici vzdušené jednotky, což je pravý opak vaší situace. To samé v bledě modrém platí po ukořistění přístavu pro lodě. Díky moderním technologiím má bitevní pole vypadat co možná nejreálněji. Těšte se na hustou střelbu, masivní exploze s létajícími troskami, vířící prach, stoupající dým a při opravdu obřích bitvách i zamlžení celé atmosféry. Uživatelské rozhraní se vrátí ke kořenům série, takže ovládací panel bude opět na pravé straně obrazovky.