Prožijte s oblíbenou alchymistkou Sophie Neuenmullerovou zbrusu nové dobrodružství, začínající krátce po událostech hry Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book z roku 2016. Poté, co se svou přítelkyní Plachtou opustí Sophie své rodné město Kirchen Bell, objeví v lese ohromný strom podobající se tomu, který ve svém snu viděla Plachta, a když se ho rozhodnou společně prozkoumat, vtáhne je znenadání tajemný vír do jeho útrob. Po probuzení se Sophie ocitá ve zvláštním novém světě zvaném Erde Wiege, je ale sama a Plachta není nikde k nalezení. Když se pak Sophie zanedlouho doslechne o alchymistce jménem Plachta žijící na okraji nedalekého města a navštíví ji v jejím ateliéru, objeví mladou dívku, která se sice jmenuje stejně jako její přítelkyně, ale ani trochu se jí nepodobá a Sophie vůbec nepoznává. A to zdaleka není jediné nečekané překvapení, které tu na Sophie čeká…
• Zkoumejte neznámý svět: Ve snaze nalézt svou ztracenou přítelkyni Plachtu a poznat zdejší snový svět se vydejte na dobrodružnou výpravu rozmanitou krajinou, která vás zavede od Stromu snů přes město Roytale, jediné v Erde Wiege, až po tajemné, zdánlivě opuštěné místo nacházející se za podivnou trhlinou v prostoru. S pomocí speciálních kamenů můžete navíc ovládat počasí, tím proměňovat vzhled okolního prostředí a získávat tak přístup do nových, jinak nedosažitelných míst.
• Seznamte se s řadou poutavých i výstředních postav: Poznejte ctižádostivou alchymistku Ramizel Erlenmeyerovou, lehkovážnou obchodnici Alette Claretie, „ultimátního osobního strážce“ Oliase Enderse, bývalého rytíře Diebolda Lewerenze nebo například bohyni Elviru, stvořitelku Erde Wiege. Skrze speciální události se také můžete dozvědět víc o jejich cílech a snech, upevňovat vzájemné přátelství a získávat nové dovednosti.
• Bojujte s hordami nepřátel: Vůbec poprvé v této herní sérii začíná bitva bez jakéhokoliv načítání ihned po setkání s protivníkem a souboje se tak stávají nedílnou součástí průzkumu herního světa. Vaše družina se teď navíc v bitvě skládá až ze šesti členů – tří vpředu a tří vzadu, čímž vznikají dva týmy vzájemně spolupracující v tahových soubojích.
• Experimentujte s alchymií: Hra využívá systém syntetizování materiálů s pomocí alchymistického panelu typický pro podsérii Mysterious, ve kterém vkládáte jednotlivé materiály do oken panelu s cílem vytvořit nový předmět. Tentokrát můžete navíc vybírat mezi běžným panelem, který umožňuje snáze vytvářet nové předměty, a pokročilejším panelem, s nímž je práce sice složitější, zato ale umožňuje vytvářet předměty se silnějšími účinky.
• Okouzlující nový vizuální styl: Vizuální styl Atelier Sophie 2 kombinuje výtvarnou podobu podsérie Mysterious s moderní grafikou a propracovanými animacemi, které přinesla hra Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy z roku 2021.