Druhá část ze ságy"Mysterious" následuje dobrodružství nadšené Firis Mistlud a její milující starší sestry Liane. Sestry přežili své životy v osamoceném městě Ertona, kde Firis využívá svou jedinečnou schopnost na zjišťování, kde se nacházejí krystaly materiálů. Naprostou náhodou se Firis dozvídá o alchymistické zkoušce a rozhodně poprvé vykročit do světa na velkolepou cestu stát se alchymistka, a objevovat tajemství života. Hráči zažijí obrovský svět s městy, prostředími a jinými lokalitami, které dosahují až deset násobnou velikost oproti hře Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book .

 Hra Atelier Firis: The Alchemist and the Mysterious Journey

vyzdvihuje dlouholetou sérii do nových výšin díky možnosti výběru následování cesty vypravěče. Po ukončení zkoušky mají hráči možnost výběru jedné ze tří různých cest, které se zabývají hlavními aspekty série, alchymií, souboji a vztahy postav. Tato volba hraje obrovskou roli při prožívání událostí, které se během hry odehrávají. Také máte možnost tuto volbu měnit během celého velkého dobrodružství.